Organi fakultete so:
- senat,
- akademski zbor,
- študentski svet,
- dekan,
- upravni odbor in
- direktor.
Senat
Je najvišji strokovni organ fakultete, ki ga sestavlja sedem visokošolskih učiteljev in dva predstavnika študentov.
Akademski zbor
Akademski zbor sestavljajo visokošolski učitelji, znanstveni sodelavci in visokošolski sodelavci, ki na dan seje akademskega zbora sodelujejo v izobraževalni in znanstvenoraziskovalni dejavnosti UNM FEI. V študijskem letu v izobraževalnem procesu sodeluje več kot 30 visokošolskih učiteljev, znanstvenih sodelavcev in visokošolskih sodelavcev. Pri delu akademskega zbora sodelujejo tudi predstavniki študentov. Predsednica akademskega zbora je dr. Mojca Blažič, pred.
Študentski svet
Študentski svet je predstavniški organ študentov UNM FEI.
Dekan
Dekan je strokovni fakultete. Zastopa fakulteto v okviru svojih nalog in pristojnosti in je odgovoren za zakonitost izobraževalne in znanstvenoraziskovalne dejavnosti fakultete. Od 21.septembra 2015 dalje je dekanica doc. dr. Malči Grivec (malci.grivec@uni-nm.si).
Upravni odbor
Organ upravljanja fakultete je upravni odbor, ki ga sestavljajo predstavniki ustanovitelja. Trenutni predsednik upravnega odbora je Jože Derganc.
Direktor
Poslovodni organ - direktor fakultete je akademik prof. dr. Marjan Blažič.