Fakulteta je članica Univerze v Novem mestu.
V sklopu izobraževalnega procesa ima fakulteta organizirane katedre, in sicer:
Razvoj, organizacijo, koordinacijo in svetovanje na področju izobraževalne dejavnosti izvaja izobraževalni center, na področju znanstvenoraziskovalne dejavnosti pa raziskovalni inštitut.
Referat za študentske zadeve organizira in koordinira študijski proces (referat.fei@un-nm.si).
Za sodelovanje fakultete na področju izobraževalne in znanstvenoraziskovalne dejavnosti v mednarodnem okolju skrbi mednarodna pisarna.
Za potrebe izobraževalnega in znanstvenoraziskovalnega dela ima fakulteta tudi svojo strokovno knjižnico.
Pravne, upravno-administrativne in strokovno-tehnične naloge izvaja uprava fakultete.